2022: We zijn (misschien) niet alleen: Ufo's toen en nu. Amsterdam: Walburg Pers.
(English title: “We are (perhaps) not alone: UFOs then and now”).
2018: Thuis in de kosmos: Het Epos van Evolutie en de vraag naar de zin van ons bestaan. Amsterdam: Amsterdam University Press. 100 pages.
(English title: “At Home in the Universe: The Epic of Evolution and the Question for the Meaning of our Existence”).
2017: Wonderlijk weefsel: Mystiek in digitale en religieuze kunst. Een essay. (Met foto's van Jeroen Jongeneelen, StudioRAW) Breda: Stedelijk Museum Breda. 56 pages. ISBN 9789072637321. (€ 23,- inclusief verzendkosten, te bestellen via info@stedelijkmuseumbreda.nl .)
2016: God, Iets of Niets? De postseculiere maatschappij tussen 'geloof' en 'ongeloof'. Amsterdam: Amsterdam University Press. 312 pages (september, 2e druk november 2016).
(English title: “God, Something or Nothing? Post-secular Society Between 'Belief' and 'Unbelief'”).
Genomineerd voor het Beste Theologische Boek van 2017.
2009: God én Darwin: Geloof kan niet om evolutie heen. Amsterdam: Nieuw Amsterdam. 160 pages. (English title: “God and Darwin: Faith can no longer do without evolution”).
2006: God en de Menselijke Maat: Gods Handelen en het Natuurwetenschappelijke Wereldbeeld. Zoetermeer: Meinema. 242 pages.
(English title: “God and the Human Proportion: Divine Action and the Scientific Worldview”).
2004: Chaos, Complexity, and God: Divine Action and Scientism. Studies in Philosophical Theology 26. Leuven: Peeters Publishers; xii + 287 pages. (Fully revised edition of my doctoral dissertation). Available through http://www.Amazon.com.
2004: Avoiding Balaam’s Mistake: Exploring Divine Action in an Age of Scientism. PhD. Dissertation, Faculty of Theology, Groningen University; xii + 187 pages.
2002: Syllabus Inleiding in Geloof en Natuurwetenschap in de Europese Cultuur, for Blended Learning Project, Faculty of Theology, Leiden University; iv + 111 pages (3rd revised ed., 2005).